Πακέτο Εργασίας 4 (ΠΕ4): Ανάπτυξη μεθοδολογίας για την ανάλυση δεδομένων από μελέτες συσχέτισης ολόκληρου του γονιδιώματος

Στόχοι

  • Μεθοδολογία ανάλυσης δεδομένων μεγάλης κλίμακας από ολόκληρο το γονιδίωμα
  • Ανάπτυξη αλγορίθμων για την ανακάλυψη δια-γονιδιακών αλληλεπιδράσεων
  • Ανάπτυξη αλγορίθμων για την ανάλυση της αλληλεπίδρασης γενετικών πολυμορφισμών και περιβαλλοντικών παραγόντω

Περιγραφή Εργασιών

  • Ανάπτυξη μεθοδολογίας για την εύρεση του ρόλου των αλληλεπιδράσεων ανάμεσα σε γονίδια για την προδιάθεση εμφάνισης ΣΔΤ2 και διαβητικής νεφροπάθειας. Οι μέθοδοι θα εφαρμοστούν στα παρακάτω δεδομένα τα οποία είναι ήδη διαθέσιμα στην συντονίστρια του έργου Π.Πάσχου και τον μετακαλούμενο ερευνητή Π. Δρινέα:
    • GENEVA Genes and Environment Initiatives in Type 2 Diabetes – 3.000 ασθενείς και 3.000 άτομα ελέγχου – 900.000 SNPs
    • The Finland-United States Investigation of NIDDM Genetics (FUSION) study - 1161 T2D and 1174 normal glucose tolerant (NGT) controls – 300.000 SNPs
    • Welcome Trust Case Control Consortium – 2.000 ασθενείς και 2.000 άτομα ελέγχου – 500.000 SNPs
    • Genetics of Kidneys in Diabetes (GoKinD) study – 931 ασθενείς με διαβητική νεφροπάθεια, 944 ασθενείς με διαβήτη και χωρίς διαβητική νεφροπάθεια - 500.000 SNPs
  • Ανάπτυξη μεθοδολογίας για την μελέτη της δομής του γονιδιώματος και την επιλογή γενετικών δεικτών που να αντιπροσωπεύουν το πρότυπο ανισορροπίας σύνδεσης συγκεκριμένων χρωμοσωμικών περιοχών.
  • Ανάπτυξη μεθοδολογίας για την πρόβλεψη των γονοτύπων σε γενετικούς τόπους που δεν έχουν τυποποιηθεί με χρήση της πληροφορίας από τα πρότυπα ανισορροπίας σύνδεσης του γονιδιώματος.

Παραδοτέα

  • Αλγόριθμοι για την για την εύρεση του ρόλου των αλληλεπιδράσεων ανάμεσα σε γονίδια.
  • Αλγόριθμοι για την επιλογή αντιπροσωπευτικών γενετικών δεικτών με στόχο την μείωση του κόστους των μελετών συσχέτισης.
  • Αλγόριθμοι για την πρόβλεψη γονοτύπων σε γενετικούς τόπους που δεν έχουν τυποποιηθεί με χρήση της πληροφορίας από τα πρότυπα ανισορροπίας σύνδεσης του γονιδιώματος.
  • Κατάλογος πολυμορφισμών και φυσιολογικών οδών που σχετίζονται με την προδιάθεση του ΣΔΤ2 και της διαβητικής νεφροπάθειας.

Συντονιστής: Π. Δρινέας

Εμπλεκόμενες Ερευνητικές Ομάδες

  • Ομάδα Γονιδιωματικής
  • Ομάδα Βιοπληροφορικής Πανεπιστημίου Πατρών

ΣΥΝΔΕΘΕΙΤΕ ΜΑΖΙ ΜΑΣ

Στα μέσα Κοινωνικής Δικτύωσης.

ΕΠΙΚΟΙΝΩΝΙΑ

Μη διστάσετε να επικοινωνήσετε μαζί μας για οποιαδήποτε απορία έχετε.

  • Τηλ.: +3084 234 5678
You are here: Home ΠΛΑΝΟ ΕΡΓΑΣΙΑΣ Πακέτο Εργασίας 4 (ΠΕ4)